W latach 2008 – 2012 pełnił funkcję Asystenta Wojskowego dwóch Szefów Sztabu Generalnego WP. Następnie w latach 2012 – 2015 r. był oddelegowany do Kwatery Głównej NATO w Brukseli, pełniąc funkcję Asystenta Specjalnego Przewodniczącego Komitetu Wojskowego NATO. W latach 2016 – 2019 był dyrektorem Departamentu Wojskowych Spraw Zagranicznych w MON, nadzorując m.in. resortowe stosunki dwustronne oraz polskich attaché obrony. Od stycznia 2020 r. do marca 2021 r. był oddelegowany do Dowództwa Operacyjnego Sił Zbrojnych RP, gdzie pełnił funkcję DCOS Support. Po awansie w marcu 2021 r. na stopień generała brygady został następnie przydzielony w kwietniu 2021 r. do Wielonarodowego Korpusu Północno-Wschodniego w Szczecinie, gdzie objął stanowisko Zastępcy Szefa Sztabu ds. Zabezpieczenia (DCOS SPT) nadzorującego sprawy związane z zasobami Kwatery Głównej Korpusu i nadzorującego w tym charakterze podległe sobie Zarządy J1, J4, J6, J8 i JMED.
Genenerał Kowalik jest absolwentem Wyższej Szkoły Oficerskiej Artylerii Polowej w Toruniu. Posiada tytuł licencjata nauk politycznych Akademii Wojskowej Stanów Zjednoczonych w West Point oraz tytuł magistra i doktora nauk pedagogicznych Uniwersytetu Marii Skłodowskiej-Curie w Lublinie. Ukończył również Podyplomowe Studium Bezpieczeństwa Narodowego na Uniwersytecie Warszawskim oraz studia podyplomowe w Akademii Obrony Narodowej w Warszawie w 2016 roku.
Odbył szkolenie zawodowe w U.S. Army Air Assault School, na Polskim Kursie Lotniczym w Tomaszowie Mazowieckim, International Faculty Development Program w IESE Business School w Barcelonie. Uczestniczył również w kursach NATO Staff Officer Orientation, Senior Officer Policy i Resources Management Education Programme (RMEP) w Szkole NATO w Oberammergau, a także w kursie dla starszych oficerów flagowych i ambasadorów w NATO Defense College w Rzymie. Ukończył również Top Public Executive Course w Krajowej Szkole Administracji Publicznej (KSAP) i IESE Business School w 2019 roku oraz European Security Seminar – North (ESS-N) w George C. Marshall Center w Garmisch-Partenkirchen w 2023 r.
Generał Kowalik jest autorem artykułów na temat bezpieczeństwa międzynarodowego, spraw wojskowych i edukacji, publikowanych zarówno w Polsce, jak i za granicą, a także okazjonalnie prowadzi zajęcia dla różnych odbiorców, w tym kurs dla oficerów starszych w Akademii Sztuki Wojennej. Biegle włada językiem angielskim i niemieckim (oba na poziomie 4) oraz językiem francuskim (poziom 2+).
Ma żonę Izabelę i troje dzieci. Gen. bryg. Tomasz Kowalik przez całe życie szkolne i studenckie uprawiał sport wyczynowo: koszykówkę, drużynową piłkę ręczną, tenis stołowy, racquetball, biegi na orientację i biegi długodystansowe. Obecnie ogranicza swoją aktywność do biegania, pływania i gry w ping-ponga. Jego hobby to historia, stosunki międzynarodowe i kolekcjonowanie polskich miniaturowych żołnierzyków.
Odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi, Wojskowym Krzyżem Zasługi, Medalem za Długoletnią Służbę (III klasy), Medalem za Zasługi dla Obronności Kraju (I klasy), Medalem Sił Zbrojnych (II klasy) oraz Medalem Stulecia Sztabu Generalnego. Jego odznaczenia zagraniczne obejmują francuski Ordre National du Mérite (chevalier), litewski Medal Zasługi Narodowego Systemu Obrony, niemiecki Ehrenkreuz der Bundeswehr (srebrny) oraz estoński Krzyż Zasługi Sił Powietrznych (II klasy).
